Действие фильма разворачивается спустя два года после событий игры Final Fantasy VII. Планета стала довольно мирным местом, хотя города и вся индустрия полностью разрушены, а большая часть населения заражена синдромом "Звездного шрама". Главный герой по имени Клауд живет один и чувствует вину за то, что совершил, спасая мир. Однако рефлексировать ему осталось недолго - миру грозит новая напасть.

Нэги Спрингфилд - десятилетний мальчик-гений, с отличием закончивший обучение и прибывший из Англии на стажировку в качестве учителя английского в известную в Японии Академию Махора. В раннем детстве юный вундеркинд остался без родителей и всю свою сознательную жизнь (будем считать, что она уже началась) жил со своей старшей сестрой. Но он твёрдо верит, что пропавший много лет назад отец по-прежнему жив. Мечта Нэги-сэнсэя - стать таким же, как и Наги, его отец... великим волшебником, тогда в один прекрасный день он сможет снова встретиться с отцом. Итак, жизнь классного руководителя класса из более чем двадцати девушек в Академии начинается...
 

Они готовы на все, чтобы добиться победы. Сражение — превыше всего. На земле и на небесах им нет равных.
Соитиро Наги и Боб Макихара — настоящие уличные бойцы. Цель их жизни — одержать победу над этим миром. Никто и ничто не может противостоять им. Академия Тодо — ровно сотая школа на их пути. Они были абсолютно уверены, что добьются победы и здесь. Однако издревле академия считалась оплотом боевых искусств.
Таинственные силы ведут свою неведомую игру, и в этой игре главные герои — лишь пешки...

Они нарушили основной закон алхимии и жестоко за это поплатились. И теперь два брата странствуют по миру в поисках загадочного философского камня, который поможет им исправить содеянное… Это мир, в котором вместо науки властвует магия, в котором люди способны управлять стихиями. Но у магии тоже есть законы, которым нужно следовать. В противном случае расплата будет жестокой и страшной. Два брата - Эдвард и Альфонс Элрики - пытаются совершить запретное: воскресить умершую мать. Однако закон равноценного обмена гласит: чтобы что-то получить, ты должен отдать нечто равноценное

Боб Макихара и Сотиро Наги, друзья, единственное желание которых доказать, что они самые сильные и главные в школе. Они решали это кулаками и ни одна академия не могла вытерпеть такого, им приходилось менять их как перчатки и вот в один прекрасный момент, они попадают туда, где доказать свое первенство стало практически невозможным, они попали в Академию Тодо. При первой же стычке Майя Нацумэ, в пару секунд надавала им тумаков, их кулаки оказались бессильны. Да, они попали в школу боевых искусств, где собраны лучшие файтеры со всей Японии. Они вступают в клуб Дзюкен к ней и ее сестре Айе, с намерением натренероваться и стать лучшими бойцами среди всех.

Раз в 500 лет проводится турнир, названный Поединком Шаманов. Тот, кто выиграет его, получает почетное звание Короля Шаманов и доступ к Могущественному Духу - Богу. Йо Асакура (Asakura Yoh) - шаман, который может общаться с духами и использовать их боевые способности, позволяя вселяться в свое тело. Он отправляется в Токио, чтобы тренироваться и достигнуть своей цели - стать Королем Шаманов. В этом ему помогают его друзья – Манта (Manta), Хоро-Хоро (Horo Horo), Рю (Ryu), его дух-партнер - самурай Амидамару (Amidamaru), и тренер Анна (Anna), желающая стать женой Короля Шаманов.