Действие фильма разворачивается спустя два года после событий игры Final Fantasy VII. Планета стала довольно мирным местом, хотя города и вся индустрия полностью разрушены, а большая часть населения заражена синдромом "Звездного шрама". Главный герой по имени Клауд живет один и чувствует вину за то, что совершил, спасая мир. Однако рефлексировать ему осталось недолго - миру грозит новая напасть.

Фильм представляет собой прямое продолжение сериала – и ещё больше отступает от манги-оригинала. Здесь сохраняется драматизм «Стального Алхимика», а сюжет по-прежнему связан с проблемой выбора и платы за этот выбор. Но если в сериале браться Эльрики искали философский камень, дабы исправить совершённые ошибки, то теперь поисками занят только Эдвард, разлучённый с младшим братом.
Альфонс вернул себе тело, но утратил память. Эда, прошедшего через Врата, выбросило в параллельной реальности, похожей на нашу. Это Германия, двадцатые годы ХХ-го века, и национал-социалистическая партия набирает силу. Алхимия бесполезна, поэтому Эдварду приходится использовать протезы. Его приютил молодой изобретатель, очень похожий на повзрослевшего Ала. Это не единственный двойник – Эду встречаются многие «знакомые» из мира «Стального Алхимика», живущие схожими и вместе с тем другими судьбами.

Нэги Спрингфилд - десятилетний мальчик-гений, с отличием закончивший обучение и прибывший из Англии на стажировку в качестве учителя английского в известную в Японии Академию Махора. В раннем детстве юный вундеркинд остался без родителей и всю свою сознательную жизнь (будем считать, что она уже началась) жил со своей старшей сестрой. Но он твёрдо верит, что пропавший много лет назад отец по-прежнему жив. Мечта Нэги-сэнсэя - стать таким же, как и Наги, его отец... великим волшебником, тогда в один прекрасный день он сможет снова встретиться с отцом. Итак, жизнь классного руководителя класса из более чем двадцати девушек в Академии начинается...
 

Они готовы на все, чтобы добиться победы. Сражение — превыше всего. На земле и на небесах им нет равных.
Соитиро Наги и Боб Макихара — настоящие уличные бойцы. Цель их жизни — одержать победу над этим миром. Никто и ничто не может противостоять им. Академия Тодо — ровно сотая школа на их пути. Они были абсолютно уверены, что добьются победы и здесь. Однако издревле академия считалась оплотом боевых искусств.
Таинственные силы ведут свою неведомую игру, и в этой игре главные герои — лишь пешки...

Они нарушили основной закон алхимии и жестоко за это поплатились. И теперь два брата странствуют по миру в поисках загадочного философского камня, который поможет им исправить содеянное… Это мир, в котором вместо науки властвует магия, в котором люди способны управлять стихиями. Но у магии тоже есть законы, которым нужно следовать. В противном случае расплата будет жестокой и страшной. Два брата - Эдвард и Альфонс Элрики - пытаются совершить запретное: воскресить умершую мать. Однако закон равноценного обмена гласит: чтобы что-то получить, ты должен отдать нечто равноценное

Кто бы мог предположить, что инопланетный космический корабль, в результате аварии упавший в Японии, окажется битком набит красивейшими девушками в стильных ошейниках! За ночь выучив земной язык, девушки тут же покорили землян… обаянием и хорошими манерами! Но покорились не все — простой японский школьник Такэя с детства ненавидит все, связанное с пришельцами. Его голыми ногами не возьмешь! Однако, увидев на улице терпящую бедствие девушку и попытавшись ей помочь, он и не догадывался, что отныне пришельцы высадились прямиком в его жизнь…

Боб Макихара и Сотиро Наги, друзья, единственное желание которых доказать, что они самые сильные и главные в школе. Они решали это кулаками и ни одна академия не могла вытерпеть такого, им приходилось менять их как перчатки и вот в один прекрасный момент, они попадают туда, где доказать свое первенство стало практически невозможным, они попали в Академию Тодо. При первой же стычке Майя Нацумэ, в пару секунд надавала им тумаков, их кулаки оказались бессильны. Да, они попали в школу боевых искусств, где собраны лучшие файтеры со всей Японии. Они вступают в клуб Дзюкен к ней и ее сестре Айе, с намерением натренероваться и стать лучшими бойцами среди всех.

Америка двадцатых годов. Экономика процветает после Первой мировой войны, растёт число богачей, но растёт и пропасть между богатыми и бедными. Потусторонние силы пользуются тьмой в человеческих душах, и всё чаще демоны появляются в нашем мире.

Но на страже стоит Магдалинский Орден — специальное учреждение католической церкви, призванное выслеживать и уничтожать нечисть — и двое его экзорцистов: 16-летняя монахиня Розетта Кристофер и демон Хроно, обычно пребывающий в теле 12-летнего паренька. Напарники связаны необычным договором, согласно которому Хроно способен принимать прежний облик и использовать свои паранормальные силы ровно столько, на сколько укорачивается жизнь Розетты.

Дуэту ярких героев суждено не только истребить зло, но и свести личные счета с коварным демоном Айоном, который похитил брата Розетты, Иешуа; который в прошлом имел много общих тёмных дел с Хроно и который намерен сделать с Землёй непоправимое!
 

Кадзуки Сикимори, 17 лет, посещает академию Аой, элитную школу магов. У каждого мага установлен предел, выполнение заклинаний больше, чем позволяет лимит, превратит заклинателя в пыль. У Кадзуки этот предел гораздо ниже среднего в школе. Однажды, совершенно неожиданно, перед ним предстают три девочки: Юна Мияма, Курико Кадзэцубаки и Рин Камисиро. Их всех интересуют его гены. А для Кадзуки появление девочек может означать гибель, так как количество его магии стабильно уменьшается, ведь он не может устоять и помогает им всем с помощью магии.